По состоянию здоровья с 1918 года художник вынужден был поселиться в Евпатории. Во время голода в 1921 году он испытывал тяготы и невзгоды. От недоедания с трудом держал в руках карандаш. В этот период Николаю Семеновичу помог молодой художник Я. П. Бирзгал, председатель Чрезвычайной комиссии. Он зачислил Самокиша в штат сотрудников ЧК и впоследствии способствовал его переезду в Симферополь.
Великая Отечественная война застала Самокиша в Симферополе..За три месяца до освобождения Симферополя 18 января 1944 года Самокиш умер. Время, прожитое Самокишем в Крыму, отмечено созданием таких полотен, как «Бой за знамя. Атака» (1922), «Преследование врангелевцев» (1940), «В разведке» (1923), «В Алупке» (1923) и многие другие. В историю он вошёл как выдающийся живописец-баталист и непревзойденный рисовальщик пером. В 1960 году улица Кооперативная в Симферополе была названа именем Самокиша. На доме № 32 по этой улице установлена мемориальная доска, гласящая:«В этом доме в 1922–1944 жил академик батальной живописи Н. С. Самокиш» Выдающийся мастер батальной исторической живописи оставил обширное творческое наследие, которое необходимо разыскивать, изучать и восхищаться им снова и снова.